Od wylosowania natury chakry zależy jakiego elementu będzie mogła używać nasza postać.
Podstawowymi naturami chakry są - Katon, Fuuton, Doton, Raiton oraz Suiton.
Każdy gracz otrzymuje na początku jedną naturę, następne można zdobyć wykupując je za Punkty Nauki lub awansując na rangę Jounina/Kage.