Są to specjalne punkty, które odgrywają główną rolę w rozwoju naszej postaci.
Umożliwiają one przede wszystkim wykupienie nowych jutsu oraz umiejętności, lecz dają także sporo innych możliwości.
Punkty Nauki (w skrócie "PN") można zdobyć na wiele sposobów np. wykonując porządnie misje drużynowe, tocząc ciekawe walki czy zwyciężając w Konkursach.
Należy także wspomnieć, że przechodząc przez Akademię Ninja warto się postarać, gdyż już tam można zdobyć nawet do 150 Punktów Nauki na dobry początek.